Zu den wichtigsten Neuerungen in Siedler IV gehört mit Sicherheit das dunkle Volk. Der dunkle Gärtner (das gegenstück des Normalen Gärtners) pflanzt das sogenannte Schattenkraut, dass fruchtbares Land eingehen lässt an.
br> In befallenen Landstrichen fliesst kein sauberes Wasser mehr, Tiere sterben aus, Bäume verfaulen und das einst grüne Gras gibt es nicht mehr.

Dazu lässt der Anführer Morbus friedliche Siedler entführen, die in den Arbeitsstätten des Bösen Pilze putzen müssen, die dann widerum zu Mana verarbeitet werden, dass zur Produktion von den bösen Kämpfern benötigt wird. Das dunkle Volk wird ausschliesslich vom Computer gesteuert.

Auch wenn sich die 3 "normalen" Völker untereinander bekriegen, so haben sie doch das dunkle Volk als gemeinsamen Feind im Auge, das es in der (Singleplayer-)Kampagne zu besiegen gilt.